Paavali vangittiin uudelleen vuonna 42. Hän aavisti, mitä oli tulossa, kun hän toisessa kirjeessään Timoteukselle sanoo: ”Sillä minut jo uhrataan, ja minun lähtöni aika on jo tullut. Minä olen hyvän kilvoituksen kilvoitellut, juoksun päättänyt, uskon säilyttänyt. Tästedes on minulle talletettuna vanhurskauden seppele, jonka Herra, vanhurskas tuomari, on antava minulle sinä päivänä, eikä ainoastaan minulle, vaan myös kaikille, jotka hänen ilmestymistään rakastavat.” Roomassa ollessaan hän ymmärsi, mihin keisari Neron hallinto voisi johtaa, niin turmeltunutta ja mielipuolista oli meno hallitsijan hovissa. Suuret vainot lähestyivät kaikkia kristittyjä ja Paavali tunsi, ettei hän jäisi niiden ulkopuolelle.

Keisari Neron hallinto muuttui yhä mielipuolisemmaksi. Hän suunnitteli Rooman keskustan uudelleen rakentamista, se kun ei ollut riittävän arvokas hänen mielestään. Hyvä tilaisuus tulikin, kun Rooma paloi. Koko maailman pääkaupunki roihusi liekki- ja savumerenä eräänä yönä vuonna 64. Keisari Nero katsoi korkealta näköalapaikalta loistavaa näytelmää. Hänen kerrotaan virittäneen laulun Troijan palosta lyyran säestyksellä. Palo raivosi kuusi päivää ja kaupunki muuttui tuhkaläjäksi. Ihmiset pakenivat, kuka pakoon pääsi. Monet kuolivat sortuvien rakennusten alle, tukehtuivat savuun ja kärventyivät kuoliaiksi. Palon jälkeen kodittomia oli valtavat joukot. Eloon jääneet joutuivat etsimään suojaa hautakammioista eli katakombeista, sillä Neron rakennuttamat hätäasumukset eivät kaikille riittäneet.

Keisari Neron kerrotaan nauttineen näkymästä, kun Rooman kaupunki paloi.
Osasyyn palosta hän vieritti kristityille.

Kuka poltti Rooman vai syttyikö se vahingossa? Kukaan ei tiedä, mutta palon jälkeen levisi huhu, että keisari sen poltti. Nero kuitenkin käytti tilaisuutta hyväkseen ja rakennutti itselleen uuden palatsin, jollaista ei ennen oltu nähty. Sen seinät ja katto olivat kultaa täynnä helmiäis- ja jalokivikoristeita. Palatsin edustalle pystytettiin 36 metriä korkea patsas, joka esitti Neroa auringonjumalana.

Nero vieritti syyn Rooman palosta kristittyjen niskoille. Kristityt olivat enimmäkseen juutalaisia ja kreikkalaisia. Heistä vain harvat olivat rikkaita tai jalosukuisia. Heitä oli helppo syyttää, puolustajia ei löytynyt. Seurakunnan vaiheissa alkoi suuren vainon aika, joka kesti 300 vuotta. Vainoon oli muitakin syitä kuin todistamatta jäänyt huhu murhapoltosta. Roomalaiset olivat hyvin uskonnollisia. Heillä oli omiakin jumalia lukuisa joukko ja valtakunnan laajetessa ja uusien kansojen tullessa Rooman osiksi, myös heidän jumalansa saivat paikkansa Roomassa. Roomalaisen ajattelutavan mukaan kristityt olivat epäilyttäviä ja suorastaan valtion vihollisia, koska eivät suostuneet palvelemaan roomalaisten jumalia. Varmaan heidätkin olisi hyväksytty, jos he olisivat tuoneet vain yhden epäjumalan lisää. Mutta kristitty ei voi palvella kahta herraa. Jo ensimmäinen käsky sanoo: ”Minä olen Herra sinun Jumalasi, älä pidä muita jumalia.” Uskonsa puolesta nämä urheat alkuaikojen kristityt olivat valmiita kärsimään ja kuolemaan ja siten heistä monet myös saivat kirkastaa Kristuksen evankeliumia.

Monet kristityt raahattiin areenalle petojen raadeltaviksi kansanjoukkojen katsellessa ja hurratessa.

Kristittyjä ristiinnaulittiin, heitä otettiin kiinni keisarin öisiä juhlia varten. Heidät siveltiin piellä ja sytytettiin valaisemaan soihtuina keisarin puutarhoja yöllisissä juhlissa. Monet kuolivat eläinten nahkoihin puettuina, kun heidät raahattiin areenalle petojen raadeltaviksi kansanjoukkojen katsellessa ja hurratessa. Mutta mitä enemmän heitä vainottiin sitä enemmän seurakunta kasvoi. Seurakunta kokoontui öisin katakombeissa salaa. Vain tunnussanan sanoja neuvottiin oikeaan paikkaan. Evankeliumi meni eteenpäin. Ne, jotka olivat yhteiskunnassa halveksittuja, kuten orjat, köyhät ja raajarikot, löysivät seurakunnasta itselleen kodin. Ne, jotka janosivat totuutta ja kauhistuivat ympärillä tulvivaa syntielämää, saivat rauhan ja lohdutuksen evankeliumissa. Entisestä syntielämästä ja epäjumalanpalveluksesta vapautuneet iloitsivat siitä vapaudesta, jonka Jeesus antaa. Siten seurakunnassa orjakin tunsi olevansa vapaa. Ennen toivottomilla oli nyt iankaikkisen elämän toivo. Siksi he menivät marttyyrikuolemaan rauha sydämessään ja iloiten siitä, että olivat arvolliset kärsimään Jeesuksen todistajina.

Paavali oli vankina viimeiset elinvuotensa, mutta tiedot Neron julmuuksista tulivat myös vankilan sisäpuolelle. Paavali tuki Rooman seurakuntaa rukouksilla ja neuvoilla, nyt vain hänen toimintansa oli paljon vaikeampaa kuin silloin, kun hän oli ollut ensi kertaa vankeudessa. Paavali oli kuitenkin rohkea, mitä lähempänä hän näki marttyyrikuoleman lähestyvän, sitä enemmän hän iloitsi siitä onnesta, mikä häntä kohtaisi Jeesuksen luona taivaan kodissa. Jospa mekin voisimme kerran sanoa Paavalin tavoin, että olemme hyvän kilvoituksen kilvoitelleet ja yhtä innokkaana kuin hän odottaisimme vanhurskauden seppelettä iankaikkisessa elämässä.

Perimätieto kertoo, että vuonna 67 sekä Paavali että Pietari olivat Roomassa vangittuina. He olivat kristittyjä, vieläpä kirkon johtajia, siksi heidät tuomittiin kuolemaan. Koska Paavali oli Rooman kansalainen, häntä ei ristiinnaulittu. Se olisi ollut häpeällinen kuolema Rooman kansalaiselle. Tapana oli käyttää roomalaisten mielestä arvokkaampia menetelmiä, niin hänet mestattiin miekalla Ostian tiellä. Pietari surmattiin yhtä aikaa hänen kanssaan, mutta ristiinnaulitsemalla Vatikanus-kukkulalla, koska hän ei ollut roomalainen. Kerrotaan, että Pietari ei tahtonut tulla ristiinnaulituksi samalla tavalla kuin Jeesus, koska hän ei ollut siihen omasta mielestään arvollinen, siksi hänet ristiinnaulittiin pää alaspäin. Paavalin mestauspaikalla on tänä päivänä Paavalin kirkko ja Pietarin ristiinnaulitsemisen paikalla Pietarin kirkko.

Paavalin rakas muisto elää aina sydämissämme ja hän itse elää Vapahtajan luona. Kun meidän vuoromme tulee astua iankaikkisuuteen, me saamme tavata hänet kuten muutkin ennen meitä taivaan kotiin päässeet. Tätä rukoilemme Jeesuksen armoon turvaten.